1. Antik Osztály -- vezetője: Adorjáni Zsolt
A munkatársak feladata az antik görög és latin műveltség nyelvi eszközökkel való kutatása. Az osztály fő kutatási területe az ókori klasszikus és hellenisztikus görög és latin nyelven született irodalom, filozófia, az antikvitás görög és latin nyelvű források alapján megismerhető története, valamint a görög és latin nyelvtörténet. Az osztály munkatársai forrásnyelvi kompetencia alapján, hagyományos (filológiai) és modern módszerek alkalmazásával tárják fel a kutatás tárgyát, folyamatosan bővítik az antikvitásról kialakított ismeretanyagot, továbbá gondoskodnak az antik szerzők korszerű fordításban történő széles körű megismertetéséről, valamint a fordításirodalom karbantartásáról és repertorizálásáról.
2. Repertorium fontium Osztály -- vezetője: Szovák Kornél
Az osztály feladata a középkori magyar művelődés megismerése szempontjából fontos, görög és nagyobb részben latin nyelven íródott forrásanyag filológiai eszközök igénybevételével történő gondozása, repertóriumban való nyilvántartása, valamint korszerű szövegkiadások létrehozása és a fordításirodalom gyarapítása révén ismeretének és hozzáférhetőségének széles körben való elterjesztése. Az osztály tervmunkája a Repertorium fontium historiae Hungariae folyamatos karbantartása mellett az elbeszélő források megújuló korpuszának gondozása (SRH).
3. Humanizmuskutató Osztály -- vezetője: Mayer Gyula
Az osztály feladata a nemzetközi tekintetben is kiemelkedő magyar humanizmuskutatás örökségének feltárása, korszerű formában való nyilvántartása, a magyar humanizmussal kapcsolatos ismeretek gondozása, repertorizálása és filológiai eszközökkel történő bővítése. A munkatársak feladata kéziratos források feltárása, kritikai szövegkiadások gondozása, a humanista szerzők szövegeinek fordításban való közzététele és ismeretük széles körű elterjesztése. Figyelmet fordítanak a magyar humanizmus nemzetközi kapcsolatrendszerére, és különösen a görög-latin filológia európai és hazai tudománytörténete első korszakának feltárására.
4. Hungarika Osztály -- vezetője: Tusor Péter
Az osztály feladata a külföldi őrzőintézményekben található magyar történeti vonatkozású, döntően latin vagy neolatin nyelvű forrásanyag feltárása, feldolgozása és korszerű formában történő hozzáférhetővé tétele. A hungarikakutatás tudománytörténetének feltárásával és repertorizálásával, továbbá helyszíni kutatással és adminisztratív feladatok ellátásával hozzájárul a 2. és a 3. osztály feladatvégzéséhez. Az osztály munkatársai különös figyelmet fordítanak a vatikáni kutatásokra és a magyar történetkutatásban elhanyagolt Rákóczi-kor forrásismeretének rendszerezésére.
5. Görög-latin Lexikológiai Osztály -- vezetője: Takács László
Az osztály feladata a történelmi Magyarországon keletkezett görög-latin lexikai kincs feltárása, a szótárak feldolgozása, a szóanyag adatbázisba foglalása és elemző jellegű feldolgozása. A forrásnyelvi terminológia rendszerezésével és rögzítésével az osztály hozzájárul a filológiai kutatások mellett a történeti forrásértelmezés módszertani eljárásainak fejlesztéséhez. A munkatársak elsősorban a 16--20. század között keletkezett lexikai kincs feldolgozására összpontosítják figyelmüket, ennek során megalapozzák a korszerű görög és latin szótárak létrehozását és kiadását.
